La compensazione del credito Iva annuale può essere effettuata:

• dal 1° giorno del periodo successivo a quello in cui la dichiarazione si riferisce e fino alla data di presentazione della dichiarazione successiva, per importi inferiori o uguali a 5.000 €;
• dal 10° giorno a quello di presentazione della dichiarazione annuale IVA, munita di visto di conformità, per importi superiori a 5.000 €.

Questa limitazione è nata per contrastare gli utilizzi di crediti inesistenti e conferire quindi maggiore rigore alla compensazione fiscale, ed è stata di recente modificata con il D.L. 50/2017. È con la presentazione della dichiarazione Iva, infatti, che matura la certezza della presenza del credito.
Le limitazioni sopra indicate si riferiscono all’importo del credito Iva 2017 utilizzato in compensazione, non all’ammontare complessivo risultante dalla dichiarazione annuale. Le restrizioni alla compensazione del credito Iva si applicano solo alla compensazione c.d. “orizzontale” o “esterna” del credito IVA e non anche alla compensazione c.d. “verticale” o “interna”, ossia alla compensazione del credito in sede di versamento periodico, in acconto ed a saldo IVA.
Nella Legge di Bilancio 2018 è stata introdotta una norma secondo cui l’Agenzia delle Entrate può sospendere, fino a 30 giorni, l’esecuzione dei Modelli F24 relativi a compensazioni che presentano profili di rischio. Se il credito risulta correttamente utilizzato, o decorsi 30 giorni dalla presentazione del modello stesso, il pagamento è eseguito e le relative compensazioni sono considerate effettuate alla data della loro effettuazione. In caso contrario, la delega di pagamento non sarà eseguita e le relative compensazioni non si considereranno effettuate. Un provvedimento dell’Agenzia delle Entrate (ancora non pubblicato) dovrà stabilire i criteri e le modalità di attuazione di questa norma.